8 février 2022

Analyse des échantillons de seston et d’invertébrés benthiques de SPM (Nathalia Byrro-Gauthier étudiante au Doctorat, bourse MITACS)

Pendant 4 mois de travail acharné, les chercheurs de BeBest et Thomas Uboldi (CDD CNRS maintenant doctorant) ont échantillonné des collecteurs disposés à des distances croissantes d’une enceinte émettant un bruit de cargo selon des transects à Saint-Pierre et Miquelon. Il est désormais temps pour moi de plonger dans et d’analyser ces échantillons !

Je suis allée en France pour un court séjour de recherche où j’ai eu l’incroyable opportunité d’apprendre comment caractériser la ressource trophique à l’aide de la chromatographie en phase gazeuse et comment identifier, compter et mesurer les espèces d’invertébrés de Saint-Pierre et Miquelon.

Ces trois derniers mois, j’ai réalisé un stage au laboratoire de Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) du Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN) à Paris et au laboratoire d’Ecologie de la Biodiversité Benthique, Science et Technologie de la (BeBEST) du CNRS et de l’Université de Bretagne Occidentale (UBO) sur le campus de la Technopôle Brest-Iroise à Plouzané. J’y ai appris les nouvelles techniques développées par les équipes de recherche de BOREA et BeBEST pour évaluer la qualité du seston et l’abondance des individus dans les collecteurs originaires de SPM.

Pendant les deux premiers mois, j’ai été formé pour réaliser des extractions de lipides selon le protocole de Bligh et Dyer (1959) légèrement modifié par Meziane et al. (2006), ce qui signifie que tous les échantillons d’eau de mer récoltés ont été filtrés et qu’ils ont été utilisés pour déterminer à la composition en acides gras et à la concentration de la matière organique particulaire de fond (b-POM) à chacune des cinq stations de SPM. Pendant quelques jours, j’ai appliqué le protocole de Meziane et al. (2006) qui comprenait trois étapes principales : a) l’extraction des lipides ; b) la conversion en acides gras par un processus de saponification et c) la transformation des esters d’acides gras en esters méthyliques d’acides gras.

J’ai également pu calculer à la composition (%) et à la concentration (µg.g-1) des acides gras par chromatographie en phase gazeuse équipée d’un détecteur à ionisation de flamme (GC-FID) et par spectrométrie de masse (GC-MS).

Le dernier mois, je me suis concentré sur l’apprentissage et l’ajustement du protocole pour estimer les abondances de recrues utilisé par les chercheurs de BeBEST. Durant cette période, j’ai compté et trié les espèces d’invertébrés à l’aide d’une cuve Dolphius. Pour cela, j’ai tamisé mes échantillons biologiques selon les fractions suivantes : >2mm, >500 et >160 µm. Le matériel de la fraction >2mm a été transféré sur un plateau et les fractions >500 et >160 µm ont été transférées sur des cuves Dolphius.

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Dans un premier temps, l’abondance des individus a été évaluée dans 100% de la cuve Dolphius, qui est composée de 200 cellules carrées. En raison de la forte abondance de certaines espèces comme Hiatella arctica et les Mytilidae, des ajustements ont été faits pour quantifier ces deux espèces. Il a également été possible de quantifier plusieurs autres bivalves, gastéropodes et crustacés et même des départs de mer. En plus du tri, les coquilles de bivalves ont été récoltées et stockées à sec dans des flacons afin que leur taille puisse être analysée ultérieurement.

En bref, mes observations préliminaires sont qu’il y a une plus grande abondance d’organismes dans les stations proches des haut-parleurs sous-marins placés à SPM. Pour l’instant, il y a une certaine dominance de Hiatella. Cependant, j’ai beaucoup d’échantillons à examiner, alors restez à l’écoute du site Web AUDITIF pour nos futures mises à jour.